Năm 20XX, bên ngoài vũ trụ 2 robot đang giao chiến với nhau rất quyết liệt.Kết quả là cả 2 đều bị thương và rơi xuống Trái Đất.Trong lúc đó, ở Trái Đất, MegaMan đang đánh nhau với Bass.Nhận được thông tin từ Dr Light, MegaMan bỏ mặc Bass đi điều tra tín hiệu lạ ở 1 hòn đảo gần đó.Và thế là cuộc phiêu lưu mới của MegaMan bắt đầu....